השרה שקד יישרה קו עם עמדת עיריית חריש המבקשת לחבר את העיר לרכבת ישראל – ולא כפי שהמועצה הארצית לתו"ב מבקשת
שרת הפנים איילת שקד הורידה מסדר היום של המועצה הארצית לתכנון ובניה את הדיון בנושא תוואי מסילת הרכבת מנשה. גורמים במשרד הפנים אישרו למערכת העיר News, כי ההחלטה נוגעת ישירות להתנגדות עיריית חריש לתוואי המוצע. במקביל, דורשת עיריית חריש, כי תוואי הרכבת יעבור דרך העיר. בעקבות זאת, התקיימה הישיבה ללא העלאת נושא תוואי הרכבת בשלב זה.
המלצת הוועדה כוללת עיקוף של העיר חריש ממערב – תוך הקמת תחנת רכבת באזור התעשייה עירון – סמוך לברקאי. חלופה שנייה שלא התקבלה כוללת הקמת שתי תחנות רכבת. אחת תת קרקעית בחריש והשנייה סמוך למחלף עירון. במועצה טוענים, כי אי הקמת תחנה בחריש מבוססת על טעמים בטיחותיים. בין השאר, בעייתיות בהובלת מטענים עם חומרים מסוכנים מתחת לאדמה ועלויות גבוהות.
עיריית חריש מתנגדת לחלופה המנתקת, כך טוענים, את העיר חריש מעורק תחבורה מרכזי ומעמיס על הכבישים – בכניסה וביציאה מהעיר.
בתגובה מסרו בלשכת השרה שקד, כי "יש להעמיק בנושא ולדייק את החלופה הטובה ביותר". ואילו ראש עיריית חריש, יצחק קשת, מסר בתגובה, כי "חריש צריכה תחנת רכבת. תחנת רכבת שתיתן מענה אמיתי לתושבי העיר. תחנת רכבת היא מנוע צמיחה הכרחי לעיר חדשה. לא הגיוני להקים מסילת רכבת, שבסופו של הליך לא תעבור צמוד לעיר ולא תסייע להפחית עומסי התחבורה ביציאות ובכניסות לעיר".